Les sites et implantations

MTH-Bordeaux ou "Plateforme Métabolome Bordeaux" (BMP) est une plateforme de métabolomique (labellisée IBiSA et reconnue comme plateforme stratégique par l'INRA depuis 2008) dédiée à la génomique fonctionnelle végétale, la génétique et l'amélioration variétale, ainsi qu'à l'étude des relations plante-pathogène ou plante-ravageur et à l'écophysiologie. BMP traite majoritairement des échantillons végétaux ou issus de végétaux. BMP propose des services de recherche ou des collaborations de recherche à des partenaires publics ou privés pour l'acquisition et l'interprétation de profils métabolomiques ou lipidomiques, l'identification et/ou l'analyse de métabolites (RMN, MS), et des mesures d'enrichissement isotopique. La formation et les développements technologiques sont également des activités de la plateforme. Le système de Management de la Qualité a été certifié ISO 9001:2008 par LRQA.

Dans le cadre de MetaboHUB, BMP a pour objectif d'élargir les méthodes de profilages ciblés et non-ciblés proposées jusqu'ici en métabolique/lipidomique pour les échantillons végétaux et d'identifier de nouveaux métabolites. MetaboHUB va permettre (1) de mettre en œuvre la quantification par LC-MS ciblée de métabolites présents à faibles concentrations, (2) de développer les profils lipidomiques à haut-débit par MS, (3) de faciliter et d'accélérer l'identification des métabolites dans les analyses métabolomiques et lipidomiques non ciblées, (4) de développer une nouvelle expertise en analyse métabolique au niveau sub-cellulaire et en analyse des réseaux métaboliques, (5) de poursuivre le développement des bases de données spectrales et de connaissance initiées lors de projets précédents.


Photographe © Thomas Sanson

La plateforme MTH-Clermont "Exploration du Métabolisme" (PFEM, Clermont-Ferrand) allie les compétences de 2 partenaires (INRA et UCA) et est spécialisée dans l'étude de l'effet des aliments et des nutriments sur les principales fonctions physiologiques chez l'Homme et l'animal, ainsi que dans celle des stimuli environnementaux sur les systèmes biologiques.

La PFEM offre à la communauté scientifique des concepts, outils et méthodes dans le domaine de l'analyse globale du métabolisme, afin d'étudier d'une part les effets des régimes alimentaires sur la santé, d'identifier et de quantifier des biomarqueurs liés au statut nutritionnel, et d'étudier d'autre part l'influence de l'environnement sur les écosystèmes bactériens des sols, lacs et nuages.

La PFEM, plateforme stratégique INRA, a été labellisé IBiSA en 2010. L'ensemble de ses activités est dédié aux études métaboliques, allant des analyses ciblées (analyses compartimentales de flux, quantification de métabolites dans différents compartiments d'organismes) aux approches de métabolomiques globales (détermination de profils métaboliques et identification de biomarqueurs).

Dans le cadre de MetaboHUB, la PFEM a pour objectif : (1) d'améliorer la rapidité des analyses et la quantification des métabolites dans différentes matrices biologiques(2) de faciliter l'identification des métabolites dans les approches métabolomiques non-ciblées afin de découvrir des biomarqueurs de disfonctionnement du métabolisme endogène et des indicateurs du statut nutritionnel (3) de développer des bases de données spectrales et des outils bioinformatiques pour l'annotation automatisée du métabolome, (4) de combiner les approches métabolomiques et d'analyses des flux afin de fournir de nouvelles possibilités d'exploration du métabolisme.

MTH-MetaToul est la plateforme de Métabolomique et Fluxomique de Toulouse . MetaToul est une plateforme multi-organismes (INRA, CNRS, INSERM, Université de Toulouse, Hôpitaux de Toulouse), labellisée IBiSA (2009) et reconnue comme plate-forme stratégique par l'INRA (2009). Elle regroupe des compétences (29 chercheurs, ingénieurs, techniciens) et des moyens (équipements lourds : RMN, spectrométrie de masse) dans le domaine de l'analyse globale du métabolisme. MetaToul met à disposition de la communauté scientifique les concepts, outils et méthodes liés à l'analyse du métabolisme à l'échelle d'un système biologique (cellule, tissu, organisme). C'est un outil de biologie intégrative permettant de répondre à des problématiques situées principalement dans deux domaines principaux: 1) microbiologie, biotechnologies et interactions hôte/microorganisme et 2) santé, toxicologie et sécurité alimentaire. En s'appuyant sur des expertises complémentaires (biochimie, chimie analytique, biophysique, bioinformatique, biomathématiques). MetaToul fournit aux scientifiques un large éventail d'expertises et de services dans le domaine de la métabolomique: 1) analyse ciblée et non-ciblée des métabolites, comprenant l'étude de leurs structures; 2) identification et analyse des voies et des réseaux métaboliques; 3) mesure des flux métaboliques; et 4) chimiométrie, phénotypage métabolique et identification de biomarqueurs. Ces services sont très divers en termes de temps et d'efforts, allant des analyses de métabolites de routine au développement conséquent de méthodes de RMN ou de MS de pointe, leur validation et leur application.

MetaToul comprend quatre activités principales (1) analyse quantitative (métabolomique et fluxomique) des réseaux métaboliques, (2) lipidomique, (3) étude des xénobiotiques et (4) analyse des métabolites secondaires végétaux.

3 plateformes aux expertises complémentaires au service de votre recherche

MTH-Grand-Ouest est une plateforme multisites (Rennes, Nantes) de métabolomique et de fluxomique qui regroupe un large éventail d'expertises dans l'analyse des petites molécules biogènes. Nous sommes en mesure de répondre à un large éventail de projets dans les domaines de l'agronomie, de la santé et de la sécurité alimentaire.

Ensemble, nous répondrons à vos problématiques scientifiques en nous adaptant à vos besoins par différentes approches : analyse isotopique, profilage métabolique et caractérisation structurale des métabolites. Pour les analyses techniques, nos plateformes analytiques disposent d'une vaste gamme d'équipements analytiques, de la spectrométrie de masse couplée à diverses techniques chromatographiques (gaz, liquide, fluide supercritique), à la spectroscopie RMN équipée de nombreuses sondes et accessoires. Nos experts en développements méthodologiques et technologiques conduisent en permanence des approches innovantes. Nos expertises incluent également le traitement des données générées grâce à la maîtrise d'outils tels que R, Galaxy, ainsi que l'analyse statistique.

Le site du CEISAM regroupe une plateforme RMN et une plateforme d'analyse isotopique du laboratoire CEISAM (UMR 6230 de l'Université de Nantes et du CNRS - https://ceisam.univ-nantes.fr/equipe-mimm ). Il est étroitement lié aux activités de l'équipe de recherche MIMM, dont l'expertise est internationalement reconnue dans le domaine de l'analyse des mélanges par RMN et de l'analyse isotopique en abondance naturelle (isotopomique). Certification et Labels : ISO9001: 2015.

Les installations du site P2M2 (Rennes-Le Rheu - https://www6.inrae.fr/p2m2/) sont principalement dédiées à l'analyse chimique ciblée et non ciblée des métabolites végétaux, qu'il s'agisse de substances primaires ou spécialisées. Les installations analytiques partagées et centralisées, majoritairement basées sur les technologies GC- et LC-MS, sont principalement affectées aux programmes de recherche internes et aux services externes consacrés au phénotypage métabolique pour la résistance des plantes aux pathogènes ou la tolérance au stress abiotique, à l'approche génomique fonctionnelle de la nutrition des plantes, à l’élaboration du rendement, à l'évaluation des réponses de défense des plantes et des interactions agroécologiques ou au criblage de la qualité des produits végétaux pour des utilisations nutritionnelles, organoleptiques ou la valorisation industrielle. Certification et Labels : IBiSA et ISO9001: 2015.

Le site MELISA fait partie du laboratoire LABERCA (UMR1329 d'Oniris et INRAE - https://www.laberca.org/plateforme-melisa ) et bénéficie d'un accès facilité à pas moins de 17 spectromètres de masse différents couplés à diverses chromatographies (GC, LC, SFC). La plateforme MELISA bénéficie également d’une expertise reconnue dans le développement d’outils informatiques de traitement de données de spectrométrie de masse. Certification et Labels : ISO9001: 2015 et IBiSA.