L’infrastructure MetaboHUB
MetaboHUB est l'infrastructure nationale de métabolomique et fluxomique créée en 2013 dans le cadre du programme "Investissements d'Avenir" lancé par le Ministère de la Recherche et de l'Enseignement Supérieur et l'Agence Nationale pour la Recherche (ANR). MetaboHUB a pour objectif de fournir des outils technologiques de pointe et des services en métabolomique et fluxomique aux équipes de recherche académiques et à des partenaires industriels dans les domaines de la santé, de la nutrition, de l'agriculture, de l'environnement et des biotechnologies.
L'infrastructure MetaboHUB rassemble les outils analytiques complémentaires (équipements, techniques analytiques, logiciels), les compétences des 5 plateformes. Elle a pour ambition de développer des méthodes de pointe en métabolomique et en fluxomique afin de relever les défis technologiques rencontrés dans les domaines suivants :
| Santé, recherche clinique et médecine |
Nutrition Humaine et Alimentation |
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| Agrosciences, biologie végétale et biotechnologies vertes |
Microbiologie et biotechnologies blanches |
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| Ecotoxicologie et environnement |
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Pour chacun de ces domaines, la nécessité d'expliquer et d'optimiser les processus biologiques, se traduit par une demande croissante d'identification et de quantification des métabolites à grande échelle et une représentation de leur fonctionnement dynamique en réseaux biologiques. D'un point de vue opérationnel il y a ainsi un besoin, pour ces domaines, d'accéder à des structures regroupant les expertises nécessaires à l'acquisition, l'interprétation et l'intégration des données dans une approche de biologie des systèmes et capables de prendre en charge des projets de grande ampleur.
- profilage métabolique à grande échelle avec 4 approches analytiques complémentaire (RMN, spectrométrie de masse à ultra-haute résolution, spectrométrie de masse couplée aux chromatographies en phases liquide et gazeuse),
- caractérisation de composés inconnus dans des matrices biologiques et construction de bases de données,
- accès à la dynamique des flux métabolique,
- mise en place et intégration d'outils informatiques de traitement et de visualisation des données.
Pour ce faire, MetaboHUB travaille :
- au développement de technologies multisites permettant des études haut débit en métabolomique et en fluxomique;
- au renforcement de la synergie entre les partenaires de l'infrastructure (partage de protocoles de préparation des échantillons, constitution de bases de données et d'outils en bioinformatique utilisables par les 4 partenaires de l'infrastructure) ;
- à l'accès à des services de pointe à la communauté scientifique nationale et aux acteurs industriels ;
- au transfert des connaissances et des compétences lors de sessions de formation ;
Durée du projet: du 1er janvier 2013 au 31 décembre 2024
Pourquoi une plateforme nationale ?
La métabolomique est une discipline exigeante en termes d'équipements et de compétences. En effet, du fait de la grande diversité chimique des métabolites, la métabolomique nécessite des approches analytiques variées et complémentaires principalement basées sur des technologies de résonance magnétique nucléaire (RMN) et de spectrométrie de masse (MS). Ces outils analytiques sont complexes à utiliser et nécessitent un environnement spécialisé.
Le développement de la métabolomique est étroitement lié aux avancées technologiques réalisées en instrumentation, au perfectionnement des outils informatiques, statistiques et mathématiques ainsi qu'à l'amélioration des compétences, et du savoir-faire d'une large communauté scientifique impliquée dans la recherche en métabolomique dans un cadre de biologie intégrative.
De plus, tout comme c'est le cas en génomique et en protéomique, les études de métabolomique évoluent vers des projets à grande échelle nécessitant des capacités technologiques plus grandes et plus variées et une expertise transdisciplinaire pour analyser un plus grand nombre d'échantillons et prendre en charge la masse considérable de données générées. La métabolomique requière de nombreux outils analytiques, dont certains sont lourds en termes d'utilisation et de coût. Rassembler ces outils, les connaissances et le savoir-faire en traitement d'analyse de données, en annotation, en gestion et en stockage des données et des méta-données, est essentiel pour répondre aux verrous actuels en métabolomique et pour pouvoir intégrer les résultats de cette science avec les autres sciences dites « omiques ». MetaboHUB a pour objectif de dépasser ces verrous technologiques et scientifiques en regroupant des équipements de pointe, les compétences et l'expertise des scientifiques des 4 plateformes partenaires en une infrastructure nationale unique et optimisée.