Offres de services : des métabolites aux flux
MetaboHUB est une infrastructure nationale de développements méthodologiques en métabolomique et fluxomique et de services destinée aux communautés scientifiques des sciences de la vie.
L’infrastructure MetaboHUB sera ouverte aux communautés scientifiques nationale et internationale, académique et privée à partir de 2017. Les partenariats avec l’infrastructure iront de la prestation de service à la collaboration R&D en passant par l’accès aux équipements.
L'infrastructure MetaboHUB rassemble les équipements, les moyens, les compétences et les ressources pour lever les verrous de la métabolomique actuelle et de ceux de demain.
La figure ci-dessous illustre les grands types d’analyses disponibles sur MetaboHUB.
Vous trouverez aussi les principaux équipements disponibles à cette page.
Remarques sur la complexité de l’approche métabolomique et fluxomique
- Besoins de nombreux outils analytiques : aucune technologie ne peut à elle seule détecter tous les métabolites d'un milieu biologique parce que ces molécules sont de natures physico-chimiques très diverses. Ainsi, le profilage biochimique d'un échantillon requière une combinaison de différentes techniques analytiques, principalement basées sur la résonnance magnétique nucléaire (RMN) et la spectrométrie de masse (MS)
- Etudes à grandes échelles : comme c'est le cas pour la génomique et la protéomique, les études de métabolomique évoluent vers des projets à grande échelle nécessitant des capacités technologiques et de l'expertise pour analyser une grand nombre d'échantillons et prendre en charge la masse importante de données biologiques et cliniques générées. MetaboHUB travaille sur l’ensemble des outils qui permettront dans un futur proche l’intégration des outils nécessaires à exploitation de grands jeux d’échantillons.
- Plateforme bioinformatique appellée eMetaboHUB (mettre le lien) pour le traitement, l'analyse, et l'annotation : le développement d'une plateforme bioinformatique associée à une expertise sur chacune des étapes de l'analyse fournit à la communauté "métabolomiste" les outils de référence pour le traitement performant et convivial de données issues de technologies multiples et leur annotation rigoureuse et détaillée.
- Besoin de compétences multiples : la métabolomique fait appel à de multiples compétences dans les domaines techniques, informatique, en traitement du signal, en statistique, en analyse et gestion des données et en apprentissage, mais aussi à des compétences et à de l'expertise dans les différents domaines d'enjeux stratégiques où la métabolomique permet des avancées telles que la médecine, la nutrition humaine, les biotechnologies vertes et blanches et l'environnement. MetaboHUB et ses partenaires rassemblent ces compétences.
- L'approche en biologie des systèmes : l'intégration des technologies et des compétences va permettre d'accélérer notre compréhension des réseaux métaboliques et de leurs fonctionnements dynamique (cf émergence de la fluxomique) et d'expliquer et/ou d'optimiser les processus biologiques. Il est nécessaire de développer les approches bioinformatiques pour permettre l'annotation précise du métabolome des espèces vivantes majeures afin d'intégrer ces données avec celles issues des analyses en génomique fonctionnelle, en protéomique, avec les pools de métabolites, les activités enzymatiques, les flux métaboliques, et construire des modèles in silico pour prédire les comportements métaboliques fournissant ainsi un cadre méthodologique et conceptuel pour la biotechnologie prédictive.